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Nouvelles technologies et leur exploitation (BNF202)

Objectifs

Utiliser les outils de la recherche reproductible Comprendre et analyser les enjeux de la médecine personnalisée dans une ère de big data Connaître les formes que prend la diversité génétique humaine et comprendre son lien avec les pathologies humaines Se familiariser avec la représentation des données génétiques Savoir mettre en œuvre des simulations de...En lire plus

Compétences

Traitement des masses de données génomiques générées par les nouvelles technologies à l'aide de GNU R, Python, R Markdown, JupyterHub, git.

Légende :

  100% Internet - national

Condition d'accès / publics visés

BNF104. Cours s'adressant à des auditeurs ayant déjà acquis un niveau L3 en biologie/bio-informatique.

Programmation: notions de R et de Python.

Objectifs pédagogiques

  • Utiliser les outils de la recherche reproductible
  • Comprendre et analyser les enjeux de la médecine personnalisée dans une ère de big data
  • Connaître les formes que prend la diversité génétique humaine et comprendre son lien avec les pathologies humaines
  • Se familiariser avec la représentation des données génétiques
  • Savoir mettre en œuvre des simulations de phénotype (modèle infinitésimal)
  • Savoir mettre en œuvre une étude d'association génétique et analyser les résultats de façon critique
  • Se familiariser avec les techniques post-génomiques et de génomique statistiques (score de risque polygénique, généalogie génétique)

Compétences visées

Traitement des masses de données génomiques générées par les nouvelles technologies à l'aide de GNU R, Python, R Markdown, JupyterHub, git.

Niveau

Niveau 7 (Bac+5)

Contenu de la formation

  • Outils programmatiques (shell, Python) et applications (git, R Markdown, JupyterHub) permettant le déploiement et la documentation de pipelines bio-informatiques modernes.
  • Recherche d'associations génétiques et méthodes statistiques pour la biologie moderne à haut débit (régression linéaire, valeurs P, classification, winner's curse).
  • Méthodes de puces de génotypage pour la médecine ou la généalogie génétique (par exemple, scores de risque polygéniques et du séquençage pour le diagnostique par biopsie liquide) avec les outils dédiés, R (suite Bioconductor), les outils Python (par exemple, pysam).
  • Études bibliographiques sur les méthodes bio-informatiques récentes sur le séquençage massif de l'ADN (NGS) et ses applications en médecine personnalisée.

Modalités de validation

Contrôle continu, Examen final, Projet(s)

Accompagnement et suivi

Sous l’autorité pédagogique du certificateur Cnam, les équipes du Cnam Bretagne vous offrent un accompagnement pendant votre parcours de formation à la fois sur les aspects administratifs, financiers, pédagogiques et techniques.

ECTS : 6

Modalité Volume horaire Employeur Pôle Emploi Auto-financement
 
45 heures 900 € 225 € 225 €
Indexation officielle
FORMACODES

[C0A5A3] biotechnologie - [C0A5] sciences naturelles - [C0] sciences

Mots clés

Biotechnologie, Bioinformatique, Génomique, Protéomique

Indicateurs de résultat

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INFOS
PRATIQUES

Durée

45 heures

Modalité

100% Internet - national  

Date de début des cours

17/10/2022

Date de fin des cours

19/02/2023

Accessibilité handicap

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